В периода 1999 - 2021 година екипът на Център за образователни инициативи успешно е изпълнил - самостоятелно или в партньорство - над 40 проекта по различни програми, финансирани от ЕС: Коменски, Лингва, Младеж, Оперативната програма "Развитие на човешките ресурси", Програма Фар "Развитие на гражданското общество", програмата Мерки за изграждане на доверие на Съвета на Европа, програмата Матра Кап на посолството на Кралство Холандия, програмата Изток-Изток на Института Отворено общество Будапеща, Европейската културна фондация, Културконтакт – Австрия и др.
В България Сдружението развива успешно сътрудничество с изследователски екипи от СУ "Св. Климент Охридски", НАИМ към БАН, Центъра по архитектурознание към БАН и РИМ в град Кюстендил, с които участва в .реализацията на проекти по Фонд научни изследвания в периода 2008-2013 година.
Благодарение на сътрудничеството с Фондация "Америка за България", с която от 2011 година насам са реализирани проектите „Учене чрез MOODLE” и първите издания на проекта-конкурс, стимулиращ младежката креативност „Репортийн”, Център за образователни инициативи започна активна работа по проекти в областта на внедряване на ИКТ в учебния процес като създаде платформата Училището БГ, на която в момента се поддържат и администрират училищните платформи на около 40 български училища и български-неделни училища в Европа, Америка и Азия с над 22 хиляди потребители ученици, учители и родители.
